抗菌肽（Antimicrobial peptide）又称宿主防御肽，指生物体内经诱导而产生的一类与先天免疫相关的有抗菌活性小分子多肽物质。

  抗生素（Antibiotics）是由微生物（包括细菌、真菌、放线菌属）在生活过程中产生的具有抗病原体或其它活性的一类次级代谢产物。如青霉素为青霉菌产生的次级代谢产物。

• 产生方式不同
  

  抗菌肽是通过基因编码合成，DNA转录表达得到。所有抗菌肽的氨基酸为20种常见氨基酸。

  抗生素大部分由酶促反应生成。涉及到许多合成酶、水解酶、转移酶等的作用，将一些化学基团组合，生成复杂的结构。即使一些肽类抗生素，也经过了大量酶促反应的作用，故许多肽类抗生素很难有明确的氨基酸序列，存在大量的氨基酸衍生物或者稀有氨基酸。

• 对机体的免疫作用不同

  抗菌肽为宿主防御肽，在宿主先天免疫中有重要的调节作用，能提高机体的非特异免疫。如天蚕素抗菌肽能通过提高CD4 和CD8 的比值，从而提高机体的非特异免疫。不同抗菌肽的抗菌谱不同，除了对细菌有抑制杀灭作用，对真菌、病毒、原虫都有一定的抑制作用。

  许多抗生素不能提高免疫，反而对免疫系统有抑制或者损伤作用。如氯霉素对骨髓造血功能有很强的破坏作用，从而降低免疫细胞的生成。另外抗生素以杀灭细菌为主，对病毒没有作用。

• 作用机理不同

  抗菌肽的主要作用在细菌的细胞膜上，通过改变细胞膜的通透性而杀灭细菌，不易产生耐药性。

  大部分抗生素有特定的作用位点，如青霉素与细胞壁的D-丙氨酰-D-丙氨酸竞争结合，抑制细胞壁的合成，易产生耐药性。