堆肥制作初期，堆肥中的微生物以中温、好气性的种类为主，最常见的是无芽孢细菌、芽孢细菌和霉菌。它们启动堆肥的发酵过程，在好气性条件下旺盛分解易分解有机物质（如简单糖类、淀粉、蛋白质等），产生大量的热，不断提高堆肥温度，从20℃左右上升至40℃，称为发热阶段，或中温阶段。

      堆前夯实地面，然后将粪便、泥炭、腐熟剂等发酵原料按比例混合堆制。

      物料以垛状堆置，可以排列成多条平行的条垛，条垛的断面形状通常为三角形或梯形，高度1.5-2.0m，宽4-6m。混合后堆料的含水率为55-65%。

发酵工艺流程如下：

发酵原料——预处理——混合——发酵——再调制——制粒——包装——出厂

    在预处理中有时需要对原料进行破碎处理，调整原料的粒度，适宜的粒度范围是12～60mm。破碎与筛分可使原料的表面积增大，便于微生物繁殖，提高发酵速度。在堆置后每4-7天可翻堆一次，1个月后可停止翻堆，让其自然后熟。

      翻堆供氧是好氧发酵化生产的基本条件之一。翻堆的主要作用在于：①提供氧气，加速微生物的发酵过程;②调节堆温;③干燥堆料。

    翻堆次数少，通风量不足以提供给微生物充足的氧气，影响发酵温度的升高;翻堆次数多则有可能使肥堆的热量散失，影响发酵无害化程度。通常根据情况在发酵期间翻堆2-3次。

      有机质含量高低影响堆料温度和通风供氧。有机质含量过低，分解产生的热量不足以促进和维持发酵中嗜热性细菌的增殖，肥堆难于达到高温阶段，影响发酵的卫生无害化效果。而且，由于有机质含量低，将影响发酵产品的肥效和使用价值。

 有机质含量过高，则需要大量供氧，这会给翻堆供氧造成实际困难，有可能因供氧不足，造成部分厌气条件。适宜的有机物含量为20-80%

      水分是否合适直接影响发酵发酵速度和腐熟程度。对污泥发酵而言，堆料合适的水分含量为55-65%。在实际操作中，简便的测定方法为：以手紧握物料能成团，有水迹出现，但水不滴出为宜。原料发酵最合适的水分为55%。

      发酵化所需要的氧气是通过发酵原料颗粒孔隙供给的。孔隙率及孔隙大小取决于颗粒大小及结构强度，像纸张、动植物、纤维织物等，遇水受压时密度会提高，颗粒间孔隙大大缩小，不利于通风供氧。颗粒适宜大小一般为12-60mm.

      1)外观变化：直观定性判断标准是发酵不再进行激烈的分解，成品温度较低;外观呈茶褐色或黑色;结构疏松;没有恶臭。

    2)温度变化：通常肥堆经过了高温阶段后，温度将逐渐下降。当发酵达到腐熟时，堆温将低于40℃。

      1)有机质和挥发性固体含量的变化：随着发酵的进行，发酵有机质和挥发性固体含量呈持续下降的趋势，最后达到基本稳定。达到腐熟时，可下降15-30%。然而这种变化趋势受原料来源的影响很大。仅用其来衡量发酵是否腐熟，还不充分。

      2)氮、C/N比及无机氮形态的变化：在发酵过程中部分有机碳将被氧化成CO2挥发损失，肥堆质量减少。由于氮的损失(主要是在有机氮的氨化阶段，少量的氨氮会挥发损失)远低于有机碳的损失，因此，发酵腐熟后，发酵中全氮含量有上升的趋势，而C/N比持续下降，直至稳定。一些研究指出，当堆料的C/N比从25～35:1下降至20:1以下时，肥堆将达到稳定。

      水溶性有机碳(C)及水溶性有机碳与有机氮之比：水溶性有机碳与水溶性有机氮的比值是发酵腐熟的良好化学指标，该值约为5-6时表明发酵已经腐熟，而且该值与发酵原料无关。