一、调控肠道微生物平衡，形成优势菌群

正常的水生动物肠道细菌与宿主保持着动态平衡,微生物种群中的优势种群对整个种群起决定作用。但在现代集约规模化养殖过程中,水生动物应激因子增多,如换料、捕捞、用药、免疫等刺激,使原来优势种群发生变化,菌群失去平衡,从而引起消化机能紊乱,抑制生长发育,严重的可能致病。有益微生物制剂中的有益微生物,为与其他菌种竞争而释放抑菌物质,而这些物质能够抑制或杀死周围其他有害菌群。这些抑菌物质被称为细菌素,是一种特异性的复合物。

二、刺激机体免疫系统，提高机体免疫能力

有益微生物制剂中的有益菌群是良好的免疫激活剂,通过产生抗体和提高噬菌活性等作用刺激免疫系统,有效提高巨噬细胞的活性,激发机体 体液免疫和细胞免疫,使得机体免疫力和抗病能力增强。直接饲喂活的微生物可刺激水生动物肠道免疫器官发育,提高机体抗体水平或提高巨噬细胞活性。

三、提供营养素,改善机体代谢

有益微生物制剂的有益菌群在消化道内繁衍,能促进消化道内多种氨基酸、维生素等一系列营养成分的有效合成和吸收利用,补充机体营养成分,促进机体生长。用有益微生物制剂饲喂水生动物,可使其肠道内的乳酸菌和链球菌含量增多,它们就会产生更多的有机酸,使肠道内pH值下降,抑制了包括很多革兰氏阳性菌在内的病原菌繁殖,同时也可产生溶菌素、过氧化氢等,这些物质也可抑制某些潜在的病原微生物。有益微生物可在体内产生多种消化酶,从而提高饲料利用率,如芽孢杆菌具有很强的脂肪酶、蛋白酶及淀粉酶活性,并且还能降解某些饲料中较复杂的酸水化合物

四、净化肠道环境

水产动物肠道内的腐败菌、大肠杆菌等增多,会产生一些有害物质，如氨、生物胺、吲哚和酚等,这些物质具有潜在的抑制生长和致病作用。 但添加有益微生物制剂后,生成这些物质的酶活性会受到抑制,从而可有效控制上述有害产物的生成。

五、水质改良

光合细菌通过光合作用，吸收和消耗养殖水体中的有机物来达到降解硫化氢和氨氮的目的。芽孢杆菌能利用氨氮、亚硝酸盐氮,降低水体中对养殖动物有害的物质。有益微生物制剂中的硝化细菌和反硝化细菌将水体中有毒的亚硝酸盐转化为无毒的硝酸盐,反硝化细菌还利用池底中的有机物为碳源,将池底和水体中的有机物转化为无毒的氮气挥发于大气中,由于底层污泥中有机物和硝酸盐的迅速减少,可有效预防因气候突变导致水质剧变对鱼虾的影响。其改良水质效果十分明显,可达到充分维持水环境的生态平衡，促进水产动物健康生长的功效。