抗菌肽具有广谱抗菌活性，对许多革兰氏阳性菌、革兰氏阴性菌、真菌都有活性。可导致细菌和真菌裂解死亡.

    抗菌肽有抗病毒的作用。可对病毒繁殖过程进行干扰，抗病毒的作用机制主要包括以下3种：直接与病毒粒子相结合；抑制病毒的繁殖；模仿病毒的侵染过程。 最终导致病毒本身失去活性而死亡。

    抗菌肽可有效杀灭引起人类及动物患寄生虫病（如疟疾、莱什曼病等）的寄生虫。如天蚕素-蜂毒素杂合肽对莱什曼原鞭毛虫有损伤作用，昆虫抗菌肽对感染蚊子的疟原虫发育的不同时期有不同作用，主要对疟原虫的子孢子期造成损伤。

    目前，抗菌肽的作用主要是提高水生动物抗病能力。水生动物的非特异性免疫系统较发达，抗菌肽在该系统中占有重要地位。当病原微生物入侵时，它们可以快速产生免疫分子进行抵御，保护自身机体。将抗菌肽制剂添加到饲料中，不仅可以提高水生动物的免疫抗病力，而且可以缓解水产养殖中的细菌耐药性及水产品抗生素污染等问题，避免因渔药使用不当而产生的药物残留。

    鱼类抗菌肽是一类分布广泛的小分子蛋白，是鱼体非特异性免疫系统的重要组成部分。当鱼体受到损伤或病原微生物等胁迫时，鱼体能快速灵活地产生抗菌肽预防和杀伤病原微生物。

     甲壳类抗菌肽大部分属于小分子肽，种类繁多，结构和组成也复杂多样，其来源主要是甲壳纲的虾、蟹等。具有抗真菌、细菌活性，尤其对革兰氏阳性菌的抗性强。

    抗菌肽在水产养殖中的应用研究已经取得了一定成效，传统的水产养殖方式经常使用抗生素，致使大多数病原微生物产生不同程度耐药性，而抗菌肽具有独特的抗菌机制，完全有可能替代传统抗生素成为新型抗菌肽药物，为水产鱼药开发提供新来源和新思路。